정부는 종교계 일부의 반발을 받아들여 종교활동비의 비과세가 유지하기로 했다. 이전과 달라진 점이 있다면, 종교활동비 세무 신고를 의무화해야 한다는 점이다.  기획재정부는 20일 이같은 내용을 골자로 한 소득세법 시행령 개정안을 추가 입법예고 했다고 밝혔다. 이번 시행령 개정안은 22일 차관회의와 26일 국무회의를 거쳐 연내 공표될 예정이다. 종교인들은 내년부터 비과세소득인 종교활동비 내역을 담당 세무서에 제출해야 한다. 일반 납세자와의 형평성을 고려해 신고 등 납세 협력 의무를 이전보다 더 강화하겠다는 취지다. 경향 비즈에 따르면, 지난 20일 기획재정부는 “종교활동비는 개인의 생활비가 아닌 주로 자선·사회적 약자 구제 및 교리 연구 등 종교 본연의 활동에서 사용되는 비용이라는 측면에서 비과세를 유지하기로 했다”며 “다만 ‘신고 등 납세 협력의 의무’는 일반 납세자와 유사한 수준이 되도록 종교인 소득 중 비과세 소득인 종교활동비 지급액은 신고하게 하는 수정안을 마련했다”고 밝혔다. 그러면서 “종교 단체 회계에 대한 세무조사는 종교인 소득만 조사하도록 규정한 소득세법의 취지를 고려해 애초 입법안을 유지하기로 했다”고 밝혔다. 경향 비즈에 따르면, 이번 수정안은 종교활동비를 신고하지 않아도 되는 길을 합법적으로 열어둔 꼼수라는 지적이 제기된다. 수정안은 목회활동비 등을 법인카드로 썼을 때는 세정 당국에 신고할 의무를 부과하지 않았다. 그 때문에 법인카드로 종교활동비를 쓰면 한도 없이 무제한 쓰면서 얼마를 쓰는지 세정 당국에 신고하지 않아도 된다. 또 종교활동비 사용명세는 교회나 사찰이 직접 결정하면 된다. 법인카드는 종교단체 회계에 비용으로 기록되기 때문에 국세청이 세무조사를 할 수도 없다. 통상 대형교회 등은 주로 법인카드를 목사들에게 줘 목회활동비를 쓰도록 한다. 한겨레에 따르면, 기재부 관계자는 “종교인 소득 과세 필요성이 처음 제기된 지 50년 만에 과세의 첫걸음을 뗀다는 점에 큰 의의가 있다”며 “종교계와 협의체를 구성해 종교인 소득 과세 시행 이후에도 개선 방안을 지속 논의하며 보완해 나갈 예정”이라고 말했다. 종교인 소득 과세는 1968년 처음 논의된 이후, 2013년 정부가 법안을 국회에 제출해 2년 간 심의를 통해 2015년 국회 본회의를 통과한 후, 2년의 유예를 거쳐 내년 1월1일부터 시행된다. 종교활동비 비과세 유지를 비판하는 목소리도 크다. 정의당은 정부가 종교인 과세 시행령 개정안을 추가 입법 예고한 것과 관련, "원칙이 무너지고 누더기가 된 종교인 과세 시행령을 당장 바로잡아야 한다"며 강하게 비판했다. KBS에 따르면, 정의당 최석 대변인은 21일 논평을 통해 "기존에 입법 예고한 종교활동비에 대한 비과세와 세무조사 제한 규정이 국민들의 비판 대상이 되자 종교활동비를 세무 당국에 신고하도록 수정한 것인데 이는 양두구육(겉과 속이 다름)스러운 행태"라며 "종교활동비라는 것은 종교단체가 제각각의 기준에 따라 임의로 설정할 수 있다"고 지적하면서 "더구나 종교활동비에 대한 세무조사 제한은 유지함으로써 사실상 탈세의 뒷문을 열어준 것"이라고 규정했다. 최 대변인은 이어 "종교활동비를 지급할 수 있는 여력이 있는 것은 주로 대형교회들이라는 점을 볼 때, 이들에서 비롯된 모종의 압력이나 암묵적인 커넥션이 존재하는 것은 아닌지 의심마저 들게 한다"고 덧붙였다. 한국조세정책학회 회장 오문성 한양여대 교수는 SBS와의 인터뷰에서 "종교인에게 납세 의무를 지우는 것에 대해서는 '정교분리'에 위배된다고 생각하지 않다. 그것에 앞서서 헌법 38조가 '모든 국민은 납세 의무를 진다'고 되어 있다"고 말했다. 네티즌들은 "한 걸음씩 나아가기가 이리 힘드나! 이 사회에 뿌리박은 기득권들이 얼마나 힘이 센지 다시 한번 느낀다", "소득이 있는 곳에 과세가 있어야 하고, 소득세 같은 직접세는 누진세율 적용, 일정 한계점 이하 저소득자에겐 생계유지를 위해 면세를 해주는 것이 현대 국가의 기본 과세 원칙", "지금도 종교는 차고 넘친다. 납세의 의무가 탄압이라는 종교는 필요 없다", "우리나라 개신교 목사들만 집단으로 종교활동비 과세를 거부하고 반발하며 정부를 상대로 으름장을 놓는 행태는 대단히 잘못된 종교인들의 행태", "종교인들은 국민 의무도 안 지키는 데 아무 제약도 없고" 등의 의견을 남겼다.