정부가 질병관리본부를 독립적인 청으로 승격하는 조직 개편안을 발표했다. 하지만 질병관리청의 무늬만 승격하는 것이 아니냐는 논란이 커지고 있다. 독립적인 청으로 승격하는 것은 맞지만, 사실상 주요 산하기관인 국립보건연구원을 뺏긴다는 것이다.  정은경 질병관리본부장은 브리핑을 통해 정부안에 작심하고 반발했다. 국립보건연구원이 감염병 연구를 포함하고 있지만 다른 보건의료 전반에 대한 연구기능을 담당하고 있기 때문에 현재 복지부가 가지고 있는 여러 가지 연구사업들과의 통합-발전이 필요하다는 것이다.  정 본부장은 “질병관리본부가 청이 되더라도 연구기능은 필요하다”며 여러 가지 조사·연구업무들을 수행하기 위한 조직을 확충하는 것에 대해 행정안전부와 논의하고 있다“고 밝혔다.  감염병 전문가들도 정부안에 반발 의견을 내놨다. 이재갑 한림대 의대 교수는 4일 청와대 국민청원 게시판에 ‘질병관리청 승격, 제대로 해주셔야 합니다’라는 글을 올렸다.  이 교수는 “질병관리청의 승격을 열렬히 환영한다. 그러나 행안부에서 발표한 질병관리청의 승격에는 황당한 내용들이 들어 있다”고 말했다.  이 교수는 “질병관리본부 산하기관으로 감염병의 기초연구와 실험연구, 백신 연구와 같은 기본적인 연구기능을 수행하고 있었던 국립보건연구원을 질병관리본부에서 쪼개 국립감염병연구소를 붙인 뒤 확대해 보건복지부로 이관한다는 계획은 철회돼야 한다”고 주장했다. 이 교수는 “국립보건연구원과 신설되는 국립감염병연구소는 질병관리청 산하에 남아있어야 감염병 대비역량 강화에 시너지를 낼 수 있다”며 “질병관리청이 감염병 정책과 방역 기능, 감염병 연구기능 전체를 아우르는 한국의 감염병 정책을 주도적으로 이끌어가는 K-방역의 주역이 될 수 있도록 격려하고 밀어줘야 할 때”라고 덧붙였다.  이같은 논란에 대해, 문재인 대통령은 5일 질병관리본부 소속 연구기관을 보건복지부 산하로 이관하는 조직 개편안을 전면 재검토할 것을 지시했다.